بلوچستان اورپختونخوا حکومت نے بھی فوجی عدالتوں میں سویلنز کا ٹرائل روکنے کا فیصلہ چیلنج کر دیا۔ بلوچستان حکومت نے آرمی ایکٹ ، آفیشل سیکرٹ ایکٹ کی کالعدم دفعات بحال کرنے کی استدعا کی۔بلوچستان حکومت نے اپیلوں پر فیصلے تک 5 رکنی بینچ کا فیصلہ معطل کرنے کی بھی استدعا کی۔ درخواست میں موقف اپنایا گیا کہ سپریم کورٹ نے ناقابلِ سماعت درخواستوں پر حکم جاری کیا۔سندھ حکومت نے فوجی عدالتوں میں سویلینز کا ٹرائل روکنے کے فیصلے کے خلاف اپیل سپریم کورٹ میں دائر کی۔
سندھ حکومت نے سپریم کورٹ میں درخواست بذریعہ ایڈووکیٹ جنرل دائر کی۔سندھ حکومت نے فوجی عدالتوں میں سویلینز کا ٹرائل روکنے کا فیصلہ کالعدم قرار دینے کی استدعا کی ہے۔ سندھ حکومت کی اپیل پر فیصلے تک سپریم کورٹ کا فیصلہ معطل کرنے کی بھی استدعا کی گئی ہے۔
دوسری جانب سپریم کورٹ کی جانب سے سویلینز کے ملٹری کورٹس میں ٹرائل کو کالعدم قرار دیے جانے کے فیصلے کے خلاف انٹرا کورٹ اپیل دائر کر دی گئی ہے۔ اپیل میں استدعا کی گئی ہے کہ آرمی تنصیبات پر حملوں کے ملزمان کا ٹرائل فوجی عدالتوں میں نہ کرنے کا فیصلہ کالعدم قرار دیا جائے۔ وزارت دفاع کی جانب سے دائر درخواست میں استدعا کی گئی ہے کہ آفیشل سیکریٹ ایکٹ اور آرمی ایکٹ کی کالعدم قرار دی گئی سیکشن 59 (4) بھی بحال کی جائیں۔